信息日期：2026年11月2日 — wwPDB 对结构存缴强制附带验证报告，报告量化几何与占有率指标：键长与键角相对理想值的RMSD偏离、clashscore、主链二面角与侧链旋转异构体的离群比例、原子占有率与B因子、配体与化学组分几何，以及与实验密度的拟合情况。对肽—蛋白复合物，肽段常因柔性出现低占有率与弱密度；若未在方法中说明建模依据，报告会把这些区域标为需复核。存缴还要求entity序列、化学组分定义与实验数据一致。若肽段密度弱，选择只建模可见残基并在方法中明确声明；若必须建模，使用几何约束精修并如实报告占有率与B因子。判定规则：存缴前逐项核对验证报告的离群列表，任何几何离群项须有解释或已修正；关键指标达不到同分辨率结构的常见范围时，先修模型再存缴，不要以“柔性”一词概括全部异常。
事实与适用范围
wwPDB 对结构存缴强制附带验证报告，报告量化几何与占有率指标：键长与键角相对理想值的RMSD偏离、clashscore、主链二面角与侧链旋转异构体的离群比例、原子占有率与B因子、配体与化学组分几何，以及与实验密度的拟合情况。对肽—蛋白复合物，肽段常因柔性出现低占有率与弱密度；若未在方法中说明建模依据，报告会把这些区域标为需复核。存缴还要求entity序列、化学组分定义与实验数据一致。
先确认边界：适用于准备存缴肽—蛋白复合物结构的作者、审稿人与数据管理员。先确认：衍射分辨率与数据截断、肽段在密度中是否可见、是否使用局部建模或几何约束、占有率如何设定、配体与金属离子的化学组分标识是否正确、entity序列与构建序列是否一致、结构因子与化学位移数据是否上传、以及验证报告是否随稿件一并提交。
围绕“肽-蛋白复合物的结构存缴:PDB 校验报告里几何与占有率要过的门槛”作判断时，要把官方规则或统计口径、企业自己的订单与流程、以及仍待验证的假设分开记录。就本篇而言，适用于准备存缴肽—蛋白复合物结构的作者、审稿人与数据管理员。先确认：衍射分辨率与数据截断、肽段在密度中是否可见、是否使用局部建模或几何约束、占有率如何设定、配体与金属离子的化学组分标识是否正确、entity序列与构建序列是否一致、结构因子与化学位移数据是否上传、以及验证报告是否随稿件一并提交，这几项决定了结论能覆盖到哪一层。公开信息只能界定外部条件，不能替代合同、系统记录、样品、账单或实际测试。
变化如何传导
验证报告的作用是把模型与实验密度做一致性量化。占有率表示原子在该位点出现的概率，低占有率配弱密度会使拟合指标变差；柔性肽段若强行按全占有率建模，会抬高clashscore或造成密度过拟合。门槛不是单一数值，而是多项指标同时落在同分辨率结构的常见范围内；任何离群项都需要合理解释或修正，否则读者无法区分真实柔性与建模错误。
常见问题：只报R因子不看几何指标；对不可见肽段强行建模；把占有率一律设为1；化学组分定义缺氢或电荷；entity序列与构建序列错配；忽略验证报告中的离群清单；把低分辨率结构的指标与高分辨率直接比较；以及只提交坐标不提交结构因子。这些会让复合物中的肽段结论在复核时难以成立。
把机制落到自家业务上，验证报告的作用是把模型与实验密度做一致性量化。占有率表示原子在该位点出现的概率，低占有率配弱密度会使拟合指标变差；柔性肽段若强行按全占有率建模，会抬高clashscore或造成密度过拟合。门槛不是单一数值，而是多项指标同时落在同分辨率结构的常见范围内；任何离群项都需要合理解释或修正，否则读者无法区分真实柔性与建模错误；这意味着判断顺序应当是先看适用范围，再看传导环节，最后才是价格或时间上的具体差值。如果中间某一环无法确认，常见问题：只报R因子不看几何指标；对不可见肽段强行建模；把占有率一律设为1；化学组分定义缺氢或电荷；entity序列与构建序列错配；忽略验证报告中的离群清单；把低分辨率结构的指标与高分辨率直接比较；以及只提交坐标不提交结构因子。这些会让复合物中的肽段结论在复核时难以成立，此时应当缩小结论的适用范围，而不是用行业平均值替代自己的数据。
作出决定
若肽段密度弱，选择只建模可见残基并在方法中明确声明；若必须建模，使用几何约束精修并如实报告占有率与B因子。判定规则：存缴前逐项核对验证报告的离群列表，任何几何离群项须有解释或已修正；关键指标达不到同分辨率结构的常见范围时，先修模型再存缴，不要以“柔性”一词概括全部异常。
决策条件写清楚才可执行：适用于准备存缴肽—蛋白复合物结构的作者、审稿人与数据管理员。先确认：衍射分辨率与数据截断、肽段在密度中是否可见、是否使用局部建模或几何约束、占有率如何设定、配体与金属离子的化学组分标识是否正确、entity序列与构建序列是否一致、结构因子与化学位移数据是否上传、以及验证报告是否随稿件一并提交，满足这些条件时按上面的做法推进；不满足时先补齐缺口再决定。本文解读结构存缴的校验指标与常见做法，不构成对任何具体结构正确性的裁定，也不替代wwPDB的正式校验标准与期刊数据政策；具体阈值以存缴系统与期刊要求为准。
执行清单
- 存缴前逐项过一遍验证报告离群表。
- 弱密度肽段只建模可见残基并声明。
- 占有率与B因子如实报告不设默认值。
- 为这项安排指定一名决定负责人、一名执行负责人和一个明确复核日期。
- 保存来源页面、访问日期、适用对象以及支持或反对当前决定的内部证据。
- 当规则、价格、供应商、合同或真实结果改变时，只重新打开受影响的判断，不重复制作仍然有效的材料。
验证与复核
先做最小验证：存缴前逐项过一遍验证报告离群表。选择一个真实对象或一个代表性案例，提前写明成功、继续观察和停止三种条件，并记录输入版本、负责人、开始时间与实际结果。第一轮只检查会改变决定的事实，不把格式偏好当成风险。
第二轮核对用“弱密度肽段只建模可见残基并声明”完成，再由未参与原始准备的人抽查一项关键证据。常见问题：只报R因子不看几何指标；对不可见肽段强行建模；把占有率一律设为1；化学组分定义缺氢或电荷；entity序列与构建序列错配；忽略验证报告中的离群清单；把低分辨率结构的指标与高分辨率直接比较；以及只提交坐标不提交结构因子。这些会让复合物中的肽段结论在复核时难以成立。单个轻微偏差可以定向修正；同类偏差重复出现、影响法定义务或改变经济性时，才升级为暂停条件。
执行“占有率与B因子如实报告不设默认值”之后，比较调整前后的真实结果，而不是只看主观感受。若肽段密度弱，选择只建模可见残基并在方法中明确声明；若必须建模，使用几何约束精修并如实报告占有率与B因子。判定规则：存缴前逐项核对验证报告的离群列表，任何几何离群项须有解释或已修正；关键指标达不到同分辨率结构的常见范围时，先修模型再存缴，不要以“柔性”一词概括全部异常。扩大到更多产品、客户或流程时沿用同一成功标准，每批保留一条完整记录。后续信息变化，只更新受影响的字段与判断。
证据台账与最小验证
证据台账把原始来源、企业自己的记录和负责人判断分开。先核对“wwPDB 对结构存缴强制附带验证报告，报告量化几何与占有率指标：键长与键角相对理想值的RMSD偏离、clashscore、主链二面角与侧链旋转异构体的离群比例、原子占有率与B因子、配体与化学组分几何，以及与实验密度的拟合情况。对肽—蛋白复合物，肽段常因柔性出现低占有率与弱密度；若未在方法中说明建模依据，报告会把这些区域标为需复核。存缴还要求entity序列、化学组分定义与实验数据一致”涉及的日期、对象与口径，再用“适用于准备存缴肽—蛋白复合物结构的作者、审稿人与数据管理员。先确认：衍射分辨率与数据截断、肽段在密度中是否可见、是否使用局部建模或几何约束、占有率如何设定、配体与金属离子的化学组分标识是否正确、entity序列与构建序列是否一致、结构因子与化学位移数据是否上传、以及验证报告是否随稿件一并提交”检查是否存在范围变化。公开资料负责说明规则或市场背景，合同、订单、测试、账单和系统日志负责证明企业自身情况；两类证据不能互相替代。引用二手解读时必须能够回到原始发布，无法回溯的数字不进入决定表。
台账至少保留四列：来源链接与发布日期、适用地区与对象、当前结论、以及仍待验证的假设。围绕“肽-蛋白复合物的结构存缴:PDB 校验报告里几何与占有率要过的门槛”，如果某一列的取值来自推测而非原始文件，应标注为待验证，并在复核日期前补齐。这样做的目的不是增加文档量，而是让后来的人能判断结论在什么条件下仍然成立。
复核维度固定为四项：来源是否仍然有效、适用范围是否变化、执行动作是否完成、结果是否偏离关键假设。若肽段密度弱，选择只建模可见残基并在方法中明确声明；若必须建模，使用几何约束精修并如实报告占有率与B因子。判定规则：存缴前逐项核对验证报告的离群列表，任何几何离群项须有解释或已修正；关键指标达不到同分辨率结构的常见范围时，先修模型再存缴，不要以“柔性”一词概括全部异常。四项都通过时维持现有做法；任一项不通过，只修正受影响的部分，其余已经确认的内容保持不动。
